Fariz Sabir oğlu Xəlilli 1980-ci il avqust ayının 1-də Ağsu rayonunun Gəgəli kəndində anadan olub. 1986-cı ildə Gəgəli kənd orta məktəbində ilk təhsilinə başlayıb. 1997-ci ildə Bakı şəhəri Sabunçu rayonu I Zabrat qəsəbəsindəki 192 saylı orta məktəbi bitirib.
Fariz Xəlilli 1997-ci ildə Nəsrəddin Tusi adına Azərbaycan Dövlət Pedaqoji Universitetinin Tarix fakultəsinə qəbul olub və 2001-ci ildə fərqlənmə diplomu ilə bitirib. Həmin il Azərbaycan Dövlət Pedaqoji Universitetinin magistraturasına Qədim dünya tarixi ixtisası üzrə qəbul olub və 2003-cü ildə fərqlənmə diplomu ilə bitirib. Tarix elmləri namizədi Fazil Osmanovun rəhbərliyi ilə “Qafqaz Albaniyası antik və ilk orta əsrlərdə (Nərgizava və Mollaisaqlı abidələri əsasında)” magistr dissertasiyasını müdafiə edib. Magistr dissertasiyasının əsas hissələri “Qədim Nərgizava və Gəgəli” kitabçasında (2003-cü il) nəşr olunub.
2002-ci il yanvar ayının 1-də Azərbaycan Tarixi Muzeyi Azərbaycanın qədim və orta əsrlər dövrü tarixinin ekspozisiyası və fondu şöbəsində laborant kimi fəaliyyətə başlayıb. 2003-cü il dekabr ayının 25-də Azərbaycan Tarixi Muzeyinin aspiranturasına qəbul olub və 2007-ci ildə bitirib. 2008-ci il noyabrın 28-də akademik Nailə xanım Vəlixanlının rəhbərliyi ilə “Azərbaycan Tarixi Muzeyinin arxeoloji materialları Azərbaycan tarixinin öyrənilməsində mənbə kimi (ən qədim dövrdən e.ə. IV əsrə qədər)” namizədlik dissertasiyasını müdafiə edib və tarix elmləri namizədi adını alıb.
Muzey ekspozisiyalarının elmi və bədii tərtibatına yaxından bələd olan Fariz Xəlilli Milli Azərbaycan Tarixi Muzeyinin 2004 və 2008-ci illər, Şamaxı Tarix Diyarşünaslıq Muzeyinin 2009-cu il ekspozisiyalarının, Orta əsr Ağsu şəhəri arxeoloji turizm kompleksinin III, IV və V qazıntılardakı sərgi zallarının (2010-2013) hazırlanmasında yaxından iştirak edib. O, 2006-cı ilin iyun ayında Norveç krallığının Stavanger şəhərində muzey təcrübəsi keçib. Fariz Xəlilli Şamaxı Tarix Diyarşünaslıq Muzeyinin kataloqunu iki dildə (azərbaycan və ingilis dillərində) hazırlayıb, 2009-cu ildə nəşr etdirib. Orta əsr Ağsu şəhərindəki arxeoloji tədqiqatlarla bağlı professor Qafar Cəbiyev ilə birlikdə "Ağsu şəhəri orta əsrlərdə" III cildlik, ikidilli kitab-albom hazırlamışdır.
Fariz Xəlillinin azərbaycan, türk, ingilis, rus, norveç, ərəb dillərində 100-ə qədər məqalə və tezisləri nəşr olunub. Həmmüəllif olaraq Azərbaycan MEA-nın müxbir üzvü Vəli Əliyev ilə “Ağsunun tarixi səhifələri”(2001-ci il) və Qafqaz Universitetinin müəllimi Mehmet Rıhtım ilə “Mövlanə İsmayıl Siracəddin Şirvani” (2003-cü il) kitabları vardır. Beynəlxalq tədbirlərdə yaxından iştirak edən Fariz Xəlilli Aşqabad (Türkmənistan), Ankara, İstanbul, Bursa, Kayseri, Konya, Bayburt, Amasiya, Muğla, Uşak, Trabzon, Ordu, Giresun (Türkiyə), Roma, Vatikan, Palermo, Milan (İtaliya), Poznan (Polşa), Tokio (Yaponiya), Ramat-Gan (İsrail), Skopye, Ohrid (Makedoniya), Sarayevo (Bosniya və Hersoqovina), Antverpen (Belçika), La-Rachelle (Fransa), Madrid, Kaseres (İspaniya), Qazimağusa (Şimali Kipr Türk Cumhuriyyəti), İaşi (Rumıniya), Tbilisi (Gürcüstan) şəhərlərində keçirilən konfrans və seminarlarda Azərbaycanı təmsil edib.
Fariz Xəlilli hal-hazırda MİRAS Mədəni İrsin Öyrənilməsinə Kömək İctimai Birliyi İdarə Heyətinin sədridir.
Evlidir. İki qızı və bir oğlu var.